宮崎・鹿児島両県境の霧島火山群、錦江湾（桜島・指宿・佐多岬地区）地域および屋久島から成り立つ国立公園です。霧島地域は、東西約22キロメートル、南北約18キロメートルという狭い地域に、20数座のも火山が噴火して成立したものであり、錦江湾地域は、日本の代表的な活火山であり南岳が現在も猛烈な爆発と降灰を続ける桜島を含む地域です。そして屋久島は、現在でも1000年に1メートルのスピードで上昇を続けていると推定される花崗岩の隆起によって生まれた島です。

屋久島と奄美大島の間を通る、生物地理学上重要な境界線。両島の間には種の分布上大きな断層があり、渡瀬線を境に北は温帯に属し欧亜大陸部や北米と共通の植物、南は亜熱帯気候に属し東南アジアと共通の植物が生育しています。また、屋久島には温帯の南限を成す植物が固有亜種（変種）を含め149種分布するとされ、奄美大島より南ではソテツなどの植物や河川の河口にはマングローブの林が茂り、海岸にはサンゴ礁が発達しています。